四維旋轉(zhuǎn)儀對(duì)茉莉酸代謝基因優(yōu)化?。?/h1>

來(lái)源：未知 發(fā)布日期：2021-04-12 08:49【大 中 小】

    百香果低溫脅迫下 JA 代謝途徑在其中的響應(yīng)方式鮮見(jiàn)報(bào)道。因此，本研究以 紫果百香果為材料，開(kāi)展百香果低溫脅迫轉(zhuǎn)錄組研究， 并從中挖掘 JA 代謝途徑相關(guān)的差異表達(dá)基因，以期為 進(jìn)一步研究百香果抗寒機(jī)制提供科學(xué)參考。Eppendorf 高速冷凍離心機(jī)，德國(guó) Eppendorf 公司; 2720 PCＲ 儀，美 國(guó) Thermo Fisher Scientific 公 司; Vortex-Genie 2 漩渦震蕩器，北京中西遠(yuǎn)大科技有限公 司; BE－1100 四維旋轉(zhuǎn)儀，海門市其林貝爾儀器制造 有限公司; Illumina HiSeq X-Ten 高通量測(cè)序儀，美國(guó) Illumina 公司; Eppendorf Ｒealplex4 熒光定量 PCＲ 儀， 德國(guó) Eppendorf 公司。Eppendorf 高速冷凍離心機(jī)，德國(guó) Eppendorf 公司; 2720 PCＲ 儀，美 國(guó) Thermo Fisher Scientific 公 司; Vortex-Genie 2 漩渦震蕩器，北京中西遠(yuǎn)大科技有限公 司; BE－1100 四維旋轉(zhuǎn)儀，海門市其林貝爾儀器制造 有限公司; Illumina HiSeq X-Ten 高通量測(cè)序儀，美國(guó) Illumina 公司; Eppendorf Ｒealplex4 熒光定量 PCＲ 儀， 德國(guó) Eppendorf 公司。

    基于 DEGs 分析結(jié)果，不同處理和生物重復(fù)間百香 果轉(zhuǎn)錄組相關(guān)性分析結(jié)果，CK 的 3 個(gè)生 物重復(fù)樣品與 LT 的 3 個(gè)生物重復(fù)樣品均分別聚為一 類，不同處理間轉(zhuǎn)錄組的相似系數(shù)介于 0. 573 ～ 0. 761， 說(shuō)明轉(zhuǎn)錄組差異基因篩選結(jié)果較為可靠。進(jìn)一步篩選， 低溫脅迫處理后獲得百香果 5 311 個(gè) DEGs， 其中 LT 相 對(duì) 于 CK 上調(diào)表達(dá)基因 數(shù)量為 2 533 ( 47. 69%) ，下調(diào)表達(dá)基因數(shù)量為 2 778( 52. 31%) 。高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是植物差異表達(dá)基因挖掘、代 謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和生物學(xué)機(jī)理研究的重要手段。本研 究中，百香果轉(zhuǎn)錄組各樣品的 Q20 的堿基百分比均大 于 98%，且 Q30 的堿基百分比均大于 94%，GC 含 量介于 45% ～46%之間，Unigene 的 N50 值大于長(zhǎng) 度平均值，此外 qＲT-PCＲ 驗(yàn)證的基因表達(dá)趨勢(shì)基本與 轉(zhuǎn)錄組 FPKM 值預(yù)測(cè)基本一致。因此，所獲得的轉(zhuǎn)錄 組數(shù)據(jù)結(jié)果較好，能夠滿足后續(xù)分析要求。

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